El Joker proporciona una historia de su origen alternativa para el personaje. Ambientada en 1981, sigue a Arthur Fleck

Arthur Fleck trabaja como payaso de fiesta para una empresa llamada Ha-Ha's. Lucha con una depresión severa, pero encuentra cierto optimismo al actuar para otros y tratar de hacer reír a la gente. Trabaja anunciando una tienda en la calle, bailando y agitando un cartel. En una de esas ocasiones, el letrero es arrebatado por un grupo de adolescentes punk, lo que lleva a Arthur a perseguirlos hasta un callejón. Le rompen el cartel en la cara y lo patean sin piedad mientras está caído.

Arthur vuelve a su casa en un conjunto de apartamentos de gran altura, donde vive con su madre enferma, Penny. Después de la cena, se sientan y miran un programa de televisión con el presentador Murray Franklin. Arthur se imagina a sí mismo actuando en el programa y llamando la atención de Murray. En su fantasía, Arthur encanta a la audiencia y a Murray diciéndoles que cuida a su madre. Murray se identifica con Arthur y lo invita a subir al escenario frente a todos, donde se dan un abrazo. Se revela que Penny solía trabajar para Thomas Wayne y está obsesionada con el millonario y actualmente le ha estado escribiendo para tratar de mejorar su situación de vida.

En Ha-Ha's, su compañero de trabajo Randall le da a Arthur un arma para protegerse después de enterarse del incidente del atraco. Arthur se siente a la vez reacio y aliviado de recibir un regalo así, ya que las armas de fuego están prohibidas en el trabajo, pero pronto descubre que su confianza crece después de recibir el arma. Sin embargo, poco después de esto, se enfrenta a su frío e insensible jefe, quien lo reprende por perder el letrero y se lo descuenta de su salario. Arthur responde solo con una sonrisa amarga.

Arthur conoce y se enamora de una de sus vecinas, una madre soltera llamada Sophie Dumond. Ella le habla cortésmente sobre temas con los que él puede identificarse. Sin embargo, mientras trata de impresionarla, él parece incómodo y fuera de lugar. En un momento se le ve pasar el día siguiéndola. Más tarde, ella pasa por su apartamento y le pregunta si la estaba siguiendo, y él admite que sí, pero ella no parece desanimarse por eso. Él la invita a un espectáculo de stand-up comedy en el que actúa. Ella duda, pero su encanto y sentido del humor la conquistan.

Arthur va al club de la comedia para su actuación. Arthur observa a los comediantes actuar para comprender mejor el oficio, pero se siente más incómodo y ajeno ya que su risa exagerada no es sincera. Su nerviosismo lo consume y, como mecanismo de afrontamiento, sin querer se encuentra riendo tan fuerte que apenas puede hablar frente al micrófono. Luego comienza a entrar en su rutina que no saca ninguna risa en el público. Sophie se divisa entre el público, y es la única que se ríe de los chistes de Arthur. Esto le da el consuelo que necesita para seguir bromeando a pesar de su tormento y confusión internos.

Arthur va a un hospital infantil para entretener a los pacientes con una rutina de payaso inocente y musical. Lleva su arma y se le cae al suelo mientras canta «If you're happy and you know it», creando una tensión en el espectador pues podría ser una broma fuera de lugar o, como resulta ser, una transgresión muy clara. El jefe de Arthur le regaña por esto, ante lo cual Arthur suplica una segunda oportunidad, pero su jefe se la niega y lo despide por teléfono. Para colmo, Randall lo traiciona al afirmar que Arthur fue quien consiguió el arma. En el viaje en tren subterráneo a casa desde Ha-Ha's disfrazado de payaso, Arthur ve a tres tipos jóvenes borrachos de Wall Street que trabajan para Wayne Enterprises acosando a una mujer. Arthur comienza a reír sin querer y llama la atención de los hombres, mientras la mujer huye de ese vagón. Los hombres se acercan a Arthur y se burlan de él y de su risa involuntaria antes de comenzar a golpearlo. Arthur se defiende, pero los acosadores lo rodean y golpean duramente. Después de recibir patadas y puñetazos, Arthur saca su arma y mata a dos de ellos dentro del tren antes de seguir al último tipo por el andén y acribillarlo en las escaleras de una estación desierta.

En estado de shock por lo que acaba de hacer, Arthur se esconde en un baño público para hombres. Después de un momento de pausa frenética, siente que una fuerza crece dentro de él y comienza a bailar solo. En ese momento, se ve en el espejo sucio como un payaso maltratado y manchado y, sin embargo, poderoso y comienza a disfrutarlo. Esconde el arma y luego regresa a su casa donde se encuentra con Sophie y la besa por primera vez.

La noticia de los tres asesinatos se difunde; algunos lo ven como un ataque delictual, mientras que otros apoyan el acto por atribuirle una protesta contra los ricos de Gotham. Thomas Wayne habla y lo condena, etiquetando a la clase baja como «payasos», lo que se convierte en un símbolo con que el pueblo se identifica fácilmente. Al día siguiente, Arthur limpia su casillero en Ha Ha's, pero no antes de enfrontarse a Randall por traicionarlo y de romper el reloj control de la empresa. Luego se va, sintiéndose animado y libre. Las noticias muestran a los payasos alborotadores protestando y causando problemas por toda la ciudad, condenando a los más privilegiados. Arthur ve que, sin querer. ha causado todo esto y comienza a ver su verdadero potencial, lo que le deja genuinamente encantado.

Arthur luego encuentra una de las cartas de Penny a Thomas, que indica que Arthur sería el hijo de Thomas. Arthur va a Wayne Manor, donde conoce al joven Bruce Wayne. Después de realizar un truco de magia para Bruce, mete las manos a través de la puerta y lo obliga a sonreír en una imagen que sugiere una agresión al niño, dándose cuenta de que podrían ser hermanos. Sin embargo Alfred Pennyworth viene a intervenir y decirle a Arthur que se vaya. Arthur menciona a su madre y su relación con Thomas. Alfred dice que recuerda a Penny, pero que ella le estaba mintiendo. Arthur ataca y casi estrangula a Alfred a través de los barrotes, pero luego se da cuenta de que Bruce lo está mirando. Arthur huye de las instalaciones de Wayne.

Esa noche, Arthur se encuentra con Thomas Wayne en un evento público de teatro. Arthur se infiltra en el teatro haciéndose pasar por un ujier. Sigue a Thomas Wayne al baño de hombres y trata de enfrentarse a él con la hipótesis de que él sea su padre, y le menciona a Penny a quien Thomas también recuerda. Si bien Thomas reconoce que Penny solía trabajar para él como parte de su personal de limpieza, dice que ella estaba delirando y que no hay forma de que Arthur pueda ser su hijo. Thomas también explica que Penny nunca le dijo a Arthur que era adoptado, lo que Arthur rechaza rotundamente antes de reírse incontrolablemente en la cara de Thomas, quien, sin darse cuenta de la condición de Arthur, se pone a la defensiva y lo golpea en la cara antes de que lo saquen del edificio. Arthur vuelve a casa, donde se tortura a sí mismo golpeándose la cabeza contra el frigorífico en un ataque de ansiedad.

Mientras tanto, Arthur ha sido arrestado y se lo lleva la policía. Arthur mira por la ventana y se ríe alegremente al ver la destrucción y el caos que ha causado en su sangriento estreno como figura pública, asesino despiadado e imagen de las víctimas del sistema. En ese momento, los payasos en una ambulancia embisten el coche, matan a los policías y liberan a Arthur, quien está herido e inconsciente tras el choque. Cuando se despierta, Arthur se encuentra rodeado por una multitud de manifestantes, saqueadores y lumpen anónimo que lo vitorea usando máscaras de payaso, en una imagen carnavalesca, tribal y pagana. Luego, los alborotadores animan a Arthur mientras se para en un coche y goza el culto que se le rinde, ahora que ha obtenido el reconocimiento que ha deseado durante mucho tiempo. Él baila con sus vítores y luego se detiene, descubriendo que su nariz está sangrando profusamente. Luego se unta la sangre en el labio superior y sonríe antes de pararse frente a ellos, elevado como un dios.

Algún tiempo después, Arthur está encerrado en Arkham Asylum. Se ríe después de contar esta historia y visualiza a un joven Bruce de pie junto a sus padres en el callejón. Al darse cuenta de que, en cierto modo, ha convertido a Bruce en lo que deberá ser, Arthur se ríe un poco más, encontrando esto realmente divertido. Conoce a una nueva trabajadora social y dice que quiere contarle un chiste, pero ella no lo entiende. Unos minutos más tarde, Arthur sale de la habitación, dejando un rastro de huellas sangrientas antes de que los camilleros lo persigan al ritmo de «That's life» de Frank Sinatra.